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引言
白莲教徐鸿儒之乱，虽经平定，但其党徒仍秘密传教。乾隆四十年（），白莲教首领安徽刘松被捕，其党刘之协、宋之清等，分赴四川湖北等省传教，煽动百姓，准备乘机起事。五十八年（）事觉，其党全被捕获，惟刘之协逃逸。清廷严缉之协，河南、湖北等省，按户搜缉，各地汹汹者数岁。
六十一年（）正月，高宗禅位于皇子颙琰，自为太上皇。颙琰即位，是为仁宗，并改元嘉庆。就在这一年，湖北荆州（今湖北江陵县）、宜昌（今湖北宜昌市）一带的白莲教徒，公开叛变。满洲的旗兵，因累世养尊处优，渐流于骄奢颓靡，早已于三藩之乱时，失去战斗力；其后汉人组成的绿营代之而兴，至此也渐趋腐败。乱事一起，军队毫无削平的能力，战争动辄蔓延数省。乾隆以后，清帝国便在一连串的内乱下，步入衰运。
惠龄关于镇压白莲教起义奏折（局部）。奏折记载湖北巡抚惠龄等清军大将采取围堵的战术清剿义军，其中夹有嘉庆帝的朱批。明末蒙古族势力蔓延的地区，共分为四大部：一、漠南蒙古，又称内蒙古，分布于今内蒙古境内。二、漠北蒙古，又称喀尔喀蒙古，分布于今蒙古国境内。三、漠西蒙古，又称厄鲁特蒙古，分布于天山北路。四、青海蒙古，分布于今青海境内。漠南蒙古，早于明末为清室所吞并，其余三大部，是在清室统一中国后，经康雍乾三朝陆续征服的。
漠南蒙古最东的一部为科尔沁部（今内蒙古东部及松辽平原西北端一带），因邻近满洲，双方曾于明神宗时发生冲突。科尔沁为努尔哈赤所败，遂遣使通好。这时内蒙古察哈尔部的林丹汗，士马强盛，横行漠南，并东侵科尔沁，于是科尔沁部降清，漠南诸部也相率与清通款。明室岁赂林丹汗，命其夹攻辽东，但因林丹汗诸部不协，终于无济于事。明思宗崇祯十一年（），清太宗会合蒙古诸部，突袭林丹汗，林丹汗走死青海，其子额哲降，漠南悉定。
其后三藩抗清，察哈尔复谋独立，圣祖发兵平之，并徙其余众于大同（今山西大同市）、宣化（今河北宣化县）边外，设都统以辖之，号内属游牧部，其地遂空为牧场。漠北喀尔喀蒙古又分三部，即土谢图，据今土拉河流域；车臣，据今克鲁伦河流域；札萨克图，据今杭爱山以西、阿尔泰山以东地。清平漠南后，喀尔喀三部震于清的兵威，也遣使朝贡。内外蒙古诸部的酋长，大都是明代蒙古达延汗的后裔。
漠西蒙古分布于今新疆天山北路地区，为明代瓦剌的后裔。自瓦剌衰落后，其族分为四部，即和硕特（据今新疆乌鲁木齐市一带）、准噶尔（据今新疆霍城县一带）、杜尔伯特（据今新疆阿勒泰市一带）及土尔扈特（据今新疆塔城市一带），清人称之为厄鲁特四部。清初，漠南及漠北蒙古相继归降，惟厄鲁特以地远不服。康熙十二年（），准噶尔汗噶尔丹即位，统一四部，兼并青海蒙古及天山南路的回部，势力大盛。二十七年（），噶尔丹突击漠北，喀尔喀三部，同时溃散，奔至漠南，于是漠北亦为噶尔丹所有。
二十九年（），噶尔丹复率兵南侵，圣祖亲征败之。其后圣祖又于三十五及三十六年（～），两度亲征漠北，噶尔丹兵败自杀，阿尔泰山以东皆平，喀尔喀三部均还旧地。噶尔丹兵败时，准部的根据地伊犁（今新疆霍城县），为其兄子策妄阿拉布坦（以下简称策妄）所夺，回部及青海也都叛变。噶尔丹既死，策妄请降，准部暂时归附。十数年后，准部复盛，乃再度为患。康熙五十四年（），策妄东侵哈密（今新疆哈密市），清廷屯军于哈密附近以防之。次年，策妄又遣兵突入西藏。
这时和硕特部据西藏，准部兵遂袭杀和硕特部的拉藏汗。五十九年（），清军由青海、四川两路进兵，逐准部兵出西藏，并拥立达赖六世，西藏遂定，但清军对准部并未能深入攻击。昭莫多之战作战经过示意图。康熙三十四年（），准噶尔汗噶尔丹率三万骑自科布多东进，侵至车臣汗部后，沿克鲁伦河东下，进抵巴颜乌兰一带，停顿不前。
清军遣使往诱不逞，康熙遂决定亲征。三十五年（）二月，康熙集九万大军，分东、中、西三路进击：东路萨布素西出克鲁伦河牵制性侧击；西路以费古扬、孙思克分出归化、宁夏，于翁金河会合后北上，拟断噶尔丹西逃之路；中路主力由康熙亲率，出独石，拟于东、西两路合歼噶尔丹于克鲁伦河一带。五月，康熙闻知东、西两路不能如期至，但判定噶尔丹会负克鲁伦河抵抗后，仍决定主力向北突进，并兵分东西两路，企图钳击噶尔丹军。
噶尔丹军不敢应战，连夜西逃。康熙前锋向西追至拖诺山而返。噶尔丹逃遁至昭莫多时，西路军及时赶上，采用以逸待劳、设伏截击的方针，先以轻兵诱敌，待噶尔丹主力赶上时，伏兵发动。并以一部向东迂回至噶尔丹阵后，攻击其家属、辎重。噶尔丹军大乱，噶尔丹仅率数十骑西逃，后在清兵追击之下，自杀身亡，准噶尔平定。世宗时，策妄之子噶尔丹策零（以下简称策零）嗣准噶尔汗位，复东侵喀尔喀，连为三音诺颜部酋策凌所重创。
三音诺颜部原属土谢图部，世宗以策凌击败准噶尔，封之为亲王，使独立为一部，牧于杭爱山以南，自是喀尔喀蒙古乃有四部。雍正十二年（），准部请降。至乾隆二年（），清室始议定以阿尔泰山同为喀尔喀与准部的分界。十年（），策零死，因诸子争立，准部渐衰。十九年（），策妄外孙阿睦撒纳率二万余人降清。次年，清遣军偕之西征，遂定准部。其后阿睦撒纳欲总长厄鲁特四部，清廷不许，乃举兵反。
乾隆二十二年（），清以兆惠讨之，阿睦撒纳败死，天山北路底定。清室于伊犁、乌鲁木齐（今新疆乌鲁木齐市）等地派兵驻防，并设伊犁将军以统治之。阿尔泰山以北的乌梁海部（即明的兀良哈部），也自此内附，清分其地为三部，即唐努乌梁海、阿尔泰乌梁海、阿尔泰诺尔乌梁海。而准部以西的哈萨克部，也大部臣属于清。青海蒙古是厄鲁特蒙古和硕特部的一支。明末，和硕特部甚盛，其酋固始汗进占青海地。清世祖时，封之为汗。
圣祖时，又封固始汗子达什巴图为亲王。世宗时，达什巴图子罗卜藏丹津谋并西藏，于雍正元年（）叛清独立，世宗命年羹尧、岳钟琪讨之。次年，丹津众溃，逃往准部，于是青海平定，清于西宁设置办事大臣以统治之。回部在天山南路，这个地区，元时本属于察合台汗国，其人民则多信回教。明中叶时，回教谟罕默德的后裔马默特，逾葱岭东来布教，得喀什噶尔（今新疆喀什市）汗的信仰，于是回教益盛。
后喀什噶尔部又以兵力平定诸部，回教势力遂遍及天山南路，渐代元裔而握政教之权，通称回部。清初，回教分为白山宗、黑山宗（俗称白帽回、黑帽回）两派，互相攻击。康熙时，准酋噶尔丹助白山宗，攻破黑山宗，尽捕元裔诸汗，并以准部人征收诸城赋税，威行回部。其后准酋策妄又排白山宗，并挽留白山宗玛罕木特（马默特曾孙）二子大小和卓木。
乾隆初，准部内乱，回部黑山宗乘机独立。乾隆二十年（），清军定伊犁，释大和卓木，并以兵助其平定回部，而以小和卓木居伊犁，掌北路的回教。其后，小和卓木曾助阿睦撒纳为乱。二十二年（），清兵既平阿睦撒纳，大小和卓木于回部继续抗清，清遣兆惠、富德进讨。二十四年（），大小和卓木败死，回部遂平。清设参赞大臣于喀什噶尔，以节制诸城。二十九年（），乌什（今新疆乌什县）回民又叛，但不久即平。自是清的声威及于葱岭以西，浩罕（在今中亚锡尔河流域的乌兹别克斯坦）、阿富汗等国，都通贡内附。
西藏也就是唐宋时代的吐蕃。自唐代喇嘛教传入吐蕃，日益盛行，喇嘛渐至干预政事。元室崇奉喇嘛教，赋予喇嘛对吐蕃的统治权，于是吐蕃成政教合一的国家。元时，吐蕃又称乌斯藏（乌斯指今宁静山以西的拉萨、山南等地，藏指今日喀则地区）。明代乌斯藏一词更为流行，至清始称西藏，其范围除今拉萨、山南、日喀则地区外，尚包括今青海、四川西部雅安地区及日喀则以西的拉达克部（今西藏阿里地区噶尔县东南一带）。
结语
元时，于西藏本部设乌斯藏宣慰使司以统之，但事实上西藏的内政是自治的。明代沿袭元代的办法，尊崇其宗教，许其自治。当时西藏的喇嘛教，分红黄二教，红教据后藏，黄教据前藏。明末，黄教首领达赖五世在位，大臣桑结主政，招引厄鲁特蒙古和硕特部的固始汗，与红教为敌。固始汗发兵入后藏，驱逐红教，而奉黄教的另一领袖班禅统治后藏。于是黄教统一全藏，固始汗则因而据有青海及喀木（今四川康定、巴塘、理塘等地与西藏昌都一带）之地。
